Habitada desde la Prehistoria hasta la ocupación romana de la península Ibérica, en el siglo XII se fundó allí un monasterio de la orden de los Templarios, dedicado a San Simón. Cuando en 1370 esta orden religiosa fue excomulgada y expulsada, tuvo que abandonar la isla y su monasterio pasó a manos de los benedictinos. La continua ocupación de la isla por órdenes monásticas se debió a su aislamiento, en un lugar tranquilo y próximo al monasterio de Poio, uno de los más importantes de la época. Las islas fueron un lugar de oración, pero su ocupación logró evitar incursiones piratas hasta el siglo XVI. Uno de los saqueos más notables fue el del inglés Francis Drake, después del cual el monasterio fue abandonado y ambas islas permanecieron deshabitadas.
En 1702 fueron parte del escenario de la Batalla de Rande (Guerra de Sucesión Española). En esta serie de Abraiante Galicia, el capítulo X menciona a Julio Verne y su obra 20.000 leguas bajo los mares, basada en la leyenda de galeones hundidos cargados de tesoros como origen del submarino Nautilus, al que en la isla se le rinde homenaje con una escultura al Capitán Nemo.
Sin embargo, su tradicional aislamiento no solo se debía a cuestiones religiosas. Durante el siglo XIX, las islas fueron, hasta 1927, un lugar de cuarentena para epidemias de cólera, lepra y peste. Posteriormente, como consecuencia de la Guerra Civil Española, entre 1936 y 1943, cientos de republicanos fueron encarcelados, torturados y, en muchos casos, ejecutados allí. Se decía que era casi imposible salir vivo de San Simón. El franquismo siguió utilizando las islas hasta 1950, cuando ocurrió un trágico accidente: volcó un barco que regresaba de la isla con personal de la guardia de Franco, falleciendo cuarenta y tres personas. La isla fue clausurada debido a la tragedia, pero se reabrió entre 1955 y 1963 para ser empleada como Hogar Méndez Núñez para la Formación de Huérfanos de Marineros.
Debido a su función de lazareto, prisión, al accidente y luego como orfanato, las islas se volvieron perceptiblemente sombrías.
Tres décadas después, el 29 de julio de 1999, San Simón fue incorporada como Bien de Interés Cultural (BIC), con categoría de Sitio Histórico, declarada Zona de Especial Protección de los Valores Naturales (ZEPVN) e integrada dentro de la Red Natura 2000.
El Instituto Galego de Análise e Documentación Internacional (IGADI), fundado en Galicia en 1991, mantuvo una relación significativa con la isla. Dedicado a la investigación, análisis y promoción de temas internacionales relacionados con el papel de Galicia en el mundo, el IGADI no solo utilizó San Simón para numerosas actividades, sino que en 2011 trasladó su sede desde Baiona a la isla. Sin embargo, en marzo de 2013, el IGADI y el Fondo Galego de Cooperación —que también tenía allí sus oficinas— tuvieron que abandonar la isla, quedando vacía de vida diaria. A pesar de la complejidad del transporte, sumada a las dificultades relacionadas con el suministro de materiales necesarios para desarrollar su labor, abandonar la isla fue un momento triste para el IGADI.
Tras la disolución de la Fundación Illa de San Simón, en la actualidad, la isla es gestionada por la Xunta de Galicia y se utiliza para eventos culturales, conciertos y encuentros académicos. Gracias a su paisaje tranquilo, con una rica biodiversidad y hábitats naturales como bosques de pinos, dunas, roquedales, aguas cristalinas y playas tranquilas, se ha convertido en un refugio para la vida marina y en un destino muy codiciado para el turismo. Durante el verano se organizan visitas guiadas a la isla.
Después de ser la Isla de la Memoria durante el gobierno bipartito en Galicia (2005-2009) y la Isla del Pensamiento entre 2011 y 2013, la última ocasión en la que dio la vuelta al mundo fue con el himno del centenario del Celta de Vigo: Oliveira dos 100 anos, en el videoclip de C. Tangana, donde la isla tiene un protagonismo icónico.
Nota de la autora: «No he recibido ningún tipo de compensación (económica o no) por escribir este artículo, no tengo conexión material con las marcas, productos o servicios mencionados, y mi opinión es independiente.»
